Испания, 1944 год. В суровых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, мечтательная десятилетняя девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает отчим Офелии — капитан Видаль, безжалостный офицер франкистской армии, одержимый идеей уничтожить повстанцев любыми средствами.
В поисках утешения от жестокости окружающего мира Офелия находит таинственный заброшенный лабиринт. Там её ждёт встреча с волшебным существом — Фавном, хранителем древнего подземного царства. Он открывает девочке невероятную тайну: Офелия является потерянной принцессой магического королевства, и чтобы вернуть своё законное место, она должна до полнолуния выполнить три опасных испытания, храня их в строжайшей тайне ото всех.